ФНКЦ ФМБА России является клинической базой кафедр различный образовательных учреждений.
Кафедра акушерства и гинекологии ФГБОУ ДПО ИПК ФМБА России.
Зав. Кафедрой – д.м.н. профессор Леваков С.А.
Кафедра рентгенологии и ультразвуковой диагностики ФГБОУ ДПО ИПК ФМБА России.
Зав. Кафедрой – к.м.н. Лесняк В.Н.
Кафедра нервных болезней и нейростоматологии.
Зав. Кафедрой – д.м.н. профессор Пузин М.Н.
Кафедра травматологии и ортопедии РУДН.
Зав. Кафедрой – д.м.н. профессор Загородний Н.В.
Лаборатория минимально инвазивной хирургии НИМСИ, кафедра хирургии ФДПО
МГМСУ им. А.И. Евдокимова Минздрава России.
Зав. Лабораторией – д.м.н. профессор Панченков Д.М.
Кафедра клинической ангиологии и сосудистой хирургии ГБОУ ДПО РМАПО Минздрава России.
Зав. Кафедрой – д.м.н. профессор Покровский А.В.
Кафедра внутренних болезней ФГБОУ ДПО ИПК ФМБА России.
Зав. Кафедрой – д.м.н. профессор Смирнов В.В.
Кафедра кардиологии ФГБОУ ДПО ИПК ФМБА России.
Зав. Кафедрой – д.м.н. профессор Ардашев А.В.
Кафедра глазных болезней Института усовершенствования врачей ФГБУ НМХ им. Н.И. Пирогова Минздрава России
Зав. Кафедрой – д.м.н. профессор Шишкин М.М.
Кафедра патологической анатомии, цитологии и молекулярной патологии
ФГБОУ ДПО ИПК ФМБА России
Зав. Кафедрой – д.м.н. профессор Забозлаев Ф.Г.
Кафедра восстановительной медицины, лечебной физкультуры
и спортивной медицины, курортологии и физиотерапии
ФГБОУ ДПО ИПК ФМБА России.
Зав. Кафедрой – д.м.н. профессор Самойлов С.А.
Кроме того, с 2014 года, когда была получена лицензия на образовательную деятельность, ФНКЦ ФМБА России открыл собственную клиническую ординатуру по 5‑ти специальностям.